Ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo được quy định cụ thể trong Nghị quyết 198/2025/QH15 (có hiệu lực từ 1/10/2025) của Quốc hội Việt Nam, cùng với các văn bản pháp luật liên quan như Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 (sửa đổi bởi Luật số 32/2013/QH13 và Luật số 67/2025/QH15) và Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (sửa đổi bởi Luật số 48/2024/QH15, có hiệu lực từ 1/7/2025). Dưới đây là chi tiết về các ưu đãi thuế dành cho doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo theo Nghị quyết 198/2025/QH15, tập trung vào thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), thuế giá trị gia tăng (GTGT), và các chính sách hỗ trợ khác.
Thế nào là doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo ?
Nghị định 38/2018/NĐ-CP ngày 11/03/2018 QUY ĐỊNH CHI TIẾT VỀ ĐẦU TƯ CHO DOANH NGHIỆP NHỎ VÀ VỪA KHỞI NGHIỆP SÁNG TẠO
Thông tư 01/2018/BKHCN ngày 12/04/2018 QUY ĐỊNH TỔ CHỨC QUẢN LÝ ĐỀ ÁN "HỖ TRỢ HỆ SINH THÁI KHỞI NGHIỆP ĐỔI MỚI SÁNG TẠO QUỐC GIA ĐẾN NĂM 2025"
Nghị định 13/2019/Nđ/CP ngày 01/02/2019 VỀ DOANH NGHIỆP KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
1. Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)
Theo Điều 10, Nghị quyết 198/2025/QH15, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo được hưởng các ưu đãi thuế TNDN như sau:
- Miễn thuế TNDN:
- Miễn thuế TNDN trong 2 năm kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ hoạt động khởi nghiệp sáng tạo.
- Nếu doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ khi có doanh thu, thời gian miễn thuế được tính từ năm thứ 4 trở đi.
- Áp dụng cho:
- Doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo.
- Công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo.
- Tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo (như trung tâm ươm tạo, khu làm việc chung).
- Giảm thuế TNDN:
- Giảm 50% số thuế TNDN phải nộp trong 4 năm tiếp theo sau thời gian miễn thuế.
- Ví dụ: Nếu doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ năm 2025, thì:
- 2025–2026: Miễn thuế TNDN.
- 2027–2030: Giảm 50% thuế TNDN (nộp thực tế 50% thuế suất 20%, tức 10%).
- Thuế suất ưu đãi:
- Thuế suất 15% áp dụng cho doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng, theo Điều 10, Luật 67/2025/QH15.
- Thuế suất 17% trong 10 năm áp dụng cho các dự án đầu tư kinh doanh cơ sở kỹ thuật hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa, cơ sở ươm tạo, hoặc khu làm việc chung hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo.
- Chi phí được trừ:
- Doanh nghiệp được tính 200% chi phí thực tế cho các hoạt động nghiên cứu và phát triển (R&D) vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
- Chi phí đào tạo và đào tạo lại nhân lực cho doanh nghiệp nhỏ và vừa tham gia chuỗi cung ứng được tính vào chi phí được trừ.
- Doanh nghiệp được trích tối đa 20% thu nhập tính thuế TNDN để lập quỹ phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, và chuyển đổi số, sử dụng cho nghiên cứu hoặc đặt hàng nghiên cứu bên ngoài.
- Thu nhập được miễn thuế TNDN:
- Thu nhập từ hợp đồng nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, và đổi mới sáng tạo.
- Thu nhập từ bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng tại Việt Nam.
- Thu nhập từ sản phẩm sản xuất thử nghiệm trong thời gian sản xuất thử nghiệm, bao gồm sản xuất thử nghiệm có kiểm soát.
2. Ưu đãi thuế giá trị gia tăng (GTGT)
Theo Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 (sửa đổi bởi Luật 48/2024/QH15) và Nghị định 169/2025/NĐ-CP:
- Miễn thuế GTGT:
- Sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm (bao gồm các sản phẩm đổi mới sáng tạo như AI, phần mềm ứng dụng) thuộc danh mục do Bộ Thông tin và Truyền thông quy định được miễn thuế GTGT, theo Điều 5, Luật 13/2008/QH12 và Thông tư 09/2013/TT-BTTTT (sửa đổi bởi Thông tư 20/2021/TT-BTTTT).
- Máy móc, thiết bị, phụ tùng trong nước chưa sản xuất được, nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, và đổi mới sáng tạo được miễn thuế GTGT.
- Giảm thuế GTGT:
- Từ 1/7/2025 đến 31/12/2026, thuế GTGT được giảm từ 10% xuống 8% cho các hàng hóa, dịch vụ thuộc lĩnh vực công nghệ thông tin (bao gồm sản phẩm/dịch vụ đổi mới sáng tạo như phần mềm, AI), theo Nghị định 174/2025/NĐ-CP và Nghị quyết 204/2025/QH15.
- Hộ kinh doanh khởi nghiệp sáng tạo:
- Nếu doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo hoạt động dưới hình thức hộ kinh doanh và có doanh thu dưới 200 triệu đồng/năm, được miễn hoàn toàn thuế GTGT và thuế TNCN, theo Điều 3, Luật 48/2024/QH15.
3. Ưu đãi thuế xuất, nhập khẩu
Theo Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu số 45/2016/QH13 và Nghị định 169/2025/NĐ-CP:
- Miễn thuế nhập khẩu đối với máy móc, thiết bị, vật tư trong nước chưa sản xuất được, nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho:
- Nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, và đổi mới sáng tạo.
- Hoạt động bảo vệ môi trường (như xử lý chất thải, sản xuất năng lượng tái tạo).
- Miễn thuế xuất khẩu cho các sản phẩm đổi mới sáng tạo (như phần mềm, công nghệ AI) xuất khẩu ra nước ngoài.
4. Ưu đãi đặc thù cho doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo
Theo Nghị quyết 198/2025/QH15:
- Miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước:
- Doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo hoạt động tại Trung tâm Đổi mới sáng tạo Quốc gia hoặc các khu công nghệ cao được miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước trong toàn bộ thời hạn thuê cho các cơ sở nghiên cứu, phòng thí nghiệm, ươm tạo công nghệ, hoặc sản xuất thử nghiệm.
- Hỗ trợ tài chính:
- Ưu tiên vay vốn hoặc bảo lãnh vốn vay từ các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách (như Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ quốc gia).
- Hỗ trợ tài chính cho các dự án khởi nghiệp sáng tạo, đặc biệt trong lĩnh vực AI, bán dẫn, công nghệ sinh học, và năng lượng tái tạo.
- Ưu đãi cho tổ chức trung gian:
- Các tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo (như trung tâm ươm tạo, khu làm việc chung) được hưởng miễn thuế TNDN trong 2 năm, giảm 50% thuế TNDN trong 4 năm tiếp theo, và thuế suất ưu đãi 17% trong 10 năm.
5. Điều kiện áp dụng ưu đãi
- Đăng ký ngành nghề:
- Doanh nghiệp phải được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư với ngành nghề liên quan đến đổi mới sáng tạo, công nghệ cao, hoặc sản xuất phần mềm.
- Xác nhận từ Sở Thông tin và Truyền thông hoặc Bộ Khoa học và Công nghệ về hoạt động đổi mới sáng tạo.
- Chế độ kế toán:
- Doanh nghiệp phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế theo phương pháp kê khai, theo Điều 18, Luật 14/2008/QH12.
- Tách riêng thu nhập từ hoạt động đổi mới sáng tạo để áp dụng ưu đãi thuế.
- Không vi phạm sở hữu trí tuệ:
- Sản phẩm đổi mới sáng tạo (như phần mềm, công nghệ AI) phải có tài liệu chứng minh không vi phạm quyền sở hữu trí tuệ.
6. Ví dụ minh họa
- Tình huống: Công ty khởi nghiệp sáng tạo sản xuất phần mềm AI, được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp năm 2024, có doanh thu 2 tỷ đồng và thu nhập chịu thuế từ năm 2025.
- Thuế TNDN:
- 2025–2026: Miễn thuế TNDN (2 năm).
- 2027–2030: Giảm 50% thuế TNDN (nộp 10% thay vì 20%).
- Thuế suất 15% nếu doanh thu dưới 3 tỷ đồng/năm.
- Chi phí R&D được tính 200% vào chi phí được trừ.
Phan Thanh Nam
CEO FAMA